La microcéphalie canine infecte principalement les chiens, notamment les chiots, et est extrêmement contagieuse. Le chien malade est la principale source d’infection, avec de grandes quantités de virus dans ses vomissures, sa salive et ses sécrétions fécales. Les chiens guéris peuvent encore excréter le virus dans leurs excréments pendant de longues périodes. Les chiens sains peuvent être infectés par contact direct avec un chien malade ou infecté, ou par le tube digestif via des aliments et de l’eau contaminés, ou encore par les organes reproducteurs d’un chien sain accouplé avec un chien de glace atteint.
